本科专业发展史
1942年11月，上海海事大学前身“国立重庆商船专科学校”增设“管理科”并计划隔年起招生，因1943年6月学校被解散并入交通大学，专业未实际招生。
管理类专业
1950年，东北航海学院（大连海运学院）航务管理系创设“航务管理”本科专业
1952年，武汉河运学院航运系创设“水运管理”本科专业
1958年，武汉水运工程学院水运管理专业和水运经济与组织专业合并为“水运经济与管理”专业。
1958年，大连海运学院海运管理专业分设为港口装卸组织及机械化、船队运输组织专业两个专业。
1959年，武汉水运工程学院水运管理系成立，设“水运管理”、“河船驾驶”专业
1962年，大连海运学院海管系整体并入上海海运学院，设置水运管理、港口装卸组织及机械化、船队运输组织专业
1963年，武汉水运工程学院经济管理类专业整体并入上海海运学院，组建成立新的水运管理系，港口装卸组织及机械化、船队运输组织专业、水运管理专业合并，更名为水运技术管理专业。
1978年，水运经济管理专业恢复招生，隶属于远洋运输业务系
1979年，水运经济管理专业分设为水运经济专业、水运管理专业
1980年，水运管理系复建，下设水运管理专业
1984年，接受联合国亚洲太平洋经济社会会（ESCAP）援助，开办航运管理工程本科班，学制5年
1993年，新增交通运输管理（国际企业管理）、新增旅游管理专科专业，学制3年
1997年，新增国际集装箱运输管理、旅游管理本科专业
1999年，国际企业管理更名为工商管理专业。国际集装箱运输管理本科专业方向停办
2000年，新增行政管理本科专业（2008年分出组建文理学院）
2003年，新增管理科学与工程本科专业
2019年，新增供应链管理本科专业
经济类专业
1956年，武汉河运学院航运系创办水运经济组织与管理五年制本科专业
1958年，武汉水运工程学院航运系水运管理专业和水运经济与组织专业合并为“水运经济与管理”专业
1959年，武汉水运工程学院水运经济系成立，设“水运经济与组织”、“远洋运输业务”专业
1962年，上海海运学院创办“远洋运输业务”专业
1963年，武汉水运工程学院经济管理类专业整体并入上海海运学院，组建成立新的水运经济系，设水运经济与组织专业、交通财务会计、远洋运输业务专业
1965年，运洋运输业务专业从水运经济系分出设立远洋运输业务系
1972年，远洋运输业务专业恢复招生
1978年，水运经济管理专业恢复招生，隶属于远洋运输业务系
1979年，水运经济管理专业分设为水运经济专业、水运管理专业
1980年，水运管理系复建，下设水运经济专业
1986年，水运经济专业更名为技术经济专业
1987年，水运经济系复建，下设技术经济、水运财会两本科专业
1989年，技术经济专业更名为“运输经济学”专业
1993年，新增国际贸易本科专业；新增旅游管理、会计学(涉外会计)专科专业，学制3年
1994年，新增国际金融本科专业
1998年，新增保险学（海上保险）本科专业
1999年，教育部专业目录调整，运输经济学更名为经济学专业，国际贸易更名为国际经济与贸易专业，国际金融更名为金融学专业，保险学方向停办。
2001年，新增国际经济贸易（电子商务）本科专业
2006年，新增电子商务本科专业
财会类专业
1960年，上海海运学院数理系数理专业入学（后转为财会专业）
1962年，上海海运学院新增交通财务会计专业
1978年，水运财务会计专业恢复招生，隶属于远洋运输业务系
1980年，水运管理系复建，下设水运财务会计专业
1987年，水运经济系复建，下设技术经济、水运财会两本科专业
1989年，水运财会专业更名为“涉外会计学”本科专业
1993年，新增会计学(涉外会计)专科专业，学制3年
1995年，新增审计学、国际会计本科专业
1999年，审计学本科专业方向停办
2002年，新增财务管理本科专业
2009年，新增会计学（ACCA）本科专业
研究生专业及学科发展史
1983年，与联合国亚洲及太平洋经济社会委员会联合举办研究生班，招收首届研究生
1986年，运输经济学专业获得硕士学位授予权
1996年，管理科学与工程、会计学专业获得硕士学位授予权；与荷兰马斯特里赫特管理学院（MSM）开始合作举办第一届MBA项目；运输经济学学科成为交通部重点学科
1998年，企业管理、国际贸易专业获得硕士学位授予权
2000年，技术经济与管理专业获得硕士学位授予权
2002年，成为国内首批30所EMBA(高级管理人员工商管理硕士)授予权院校之一，并获得AMBA认证
2004年，获批项目管理（ME）工程硕士专业学位授予权。
2006年，获得交通运输工程经济与管理二级学科博士点
2010年，获得工商管理一级学科硕士授予权；获得全国首批工程管理专业硕士(MEM)学位授予权
2011年，获得管理科学与工程一级学科博士点
2012年，管理科学与工程、运输系统管理与工程经济两个学科获得上海一流学科(B类)资格
2014年，获得应用统计硕士专业学位(MAS)授予权
2015年，管理科学与工程(物流工程与管理)入选上海市高峰高原学科
2017年，工程管理硕士（MEM）专业成为首批 25 家国际项目经理（IPMP） 人才培养基地
2018年，获得应用经济学一级学科硕士授予权；会计硕士专业学位(MPAcc)授予权
