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近代中国对于航运经管类人才的培养，是一个从无到有的过程。交通运输管理类的专业最早为1918年南洋公学的铁路管理科，开创了工管结合的先河，但有关交通管理的教育也仅限于“铁路、邮政、电政”教育，因近代中国航权操控于列强之手，虽有“航政”，但无航务管理人才教育；时航运界对于院校专业设置，也认为仅设“航海、轮机、造船”三科即可。为了应对英美放弃航运特权之后的船务、港务、海务经营管理人才的缺乏，未雨绸缪，1942年，上海海事大学前身的“国立重庆商船专科学校”增设“管理科”，并提出“男女同招”，这是教育史上第一次针对航运组织与管理成立专门的科系。但随着1943年重庆船校被强行解散，探索状态的中国航运商科教育消失在了滚滚历史洪流之中，直至1949年新中国成立之后，才得以萌发和新生。后经过专业调整，至上世纪60年代，上海海运学院建起了一个以管理为核心、理工为基础的学科格局，成为中国现代交通教育的重要代表性院校之一。

萌芽期

1950年，东北航海学院（大连海运学院）航务管理系创设“航务管理”专业。

1952年，武汉河运学院（武汉水运工程学院）航运系创设“水运管理”专业。

1956年，武汉河运学院（武汉水运工程学院）航运系创设“水运经济组织”专业。

1957年，武汉水运工程学院航运系创设"远洋运输业务"专业。

1960年，上海海运学院数理专业（后转为财会专业）入学，时为交通部高校首个财会专业。

1962年，上海海运学院水运经济系创设“交通财务会计”本科专业，时为上海地区高校仅有的两个财会类本科专业之一。

调整期

1963年，原交通部高校专业调整，武汉水运工程学院、大连海运学院、上海海运学院三校经管类专业整体合并，组建水运经济系、水运管理系。设置水运技术管理、水运经济与组织专业、交通财务会计、远洋运输业务专业。

1965年，运洋运输业务专业从水运经济系分出设立远洋运输业务系。

1966年，受“文革”影响，停止招生。

成长期

1978年，水运经济管理、水运财务会计两个专业恢复高考招生，隶属远洋运输业务系。

1980年，水运管理系复建，下设水运管理、水运经济、水运财务会计专业。

1983年，与联合国亚洲及太平洋经济社会委员会（ESCAP）联合招收第一届研究生。

1986年，运输经济学（产业经济学）专业获得硕士学位授予权。

1987年，水运经济专业、水运财务会计专业从水运管理系分出，复建水运经济系。

1991年，水运经济系、水运管理系、国际航运系组建“管理学院”。

1993年，水运经济系更名为国际经济贸易系、水运管理系更名为管理系。

1994年，会计专业从国贸系分出成立财务与会计学系。

1996年，举办工商管理硕士（MBA）教育

1997年，成立旅游管理系。

发展期

2001年，管理学院分拆，成立经济管理学院。

2002年，获得全国首批高级工商管理硕士学位（EMBA）学位授予权

2006年，获得交通运输工程经济与管理二级学科博士点

2007年，组建成立新的物流经济系、国际经济与贸易系、工商与旅游管理系、管理科学系。

2010年，获得全国首批工程管理专业硕士（MEM）学位授予权

2011年，获得管理科学与工程一级学科博士点

2012年，亚洲邮轮学院成立。

2013年，上海高级国际航运学院成立。

2014年，获得应用统计专业硕士（MAS）学位授予权

2016年，经济管理学院校友会成立。

2017年，水运经济科学研究所整体划转至经济管理学院。

2018年，获得会计硕士专业学位(MPAcc)授予权

2021年，物流经济系更名为物流经济与统计系，国际经济与贸易系更名为国际贸易与金融系。

2023年，通过AACSB（国际精英商学院协会）认证