1996年，上海海事大学与荷兰马斯特里赫特管理学院（MSM）开始合作举办工商管理硕士（MBA）教育，开中国航运院校MBA教育之先河；2002年成为国内首批30所高级工商管理硕士学位（EMBA）授予权院校之一；2010年获得全国首批工程管理专业硕士（MEM）学位授予权、首批国际项目管理专业资质（IPMP)认证；2018年获批会计硕士专业学位(MPAcc)授予权；2023年学院通过AACSB（国际精英商学院协会）认证，成为中国涉海类高校中首个通过该国际认证的商学院。 2004年，获批金融硕士专业学位（MF) 授予权。

经济管理学院教育培训中心坚持“诚信为本，正己安人；以义统利，持之以恒”的院训，秉承百年办学文脉，长期以来持续改革创新，多元化调整，努力打造航运、物流、海洋类商科特色教育，服务于“上海国际航运中心建设”、“自贸区”、“一带一路”倡议等国家战略，为每一位学生提供最优的教育资源与最佳的成长机遇。